浙江大学以“2011计划”组织实施为契机，完善面向重大问题的科研创新体系，积极发挥科技创新对经济社会发展的支撑作用。  

强化顶层设计。成立学校“2011计划”领导小组，党委书记和校长共同担任组长，各职能部门为成员单位，科学规划、统筹布局、协调推进“2011计划”。发布《浙江大学深化科技工作内涵发展的若干意见》，坚持“内涵发展、质量优先”原则，充分发挥多学科综合优势，不断提升科研创新能力。出台《浙江大学“2011协同创新中心”组建培育实施办法(试行)》，对“2011计划”的组织管理、组织实施和改革保障作出相应规定，加快推进开放式创新体系建设。

创新工作机制。制定“2011计划”先行先试的“特区”政策,单列“百人计划”岗位、专职科研岗位及“临床名师计划”指标，为协同创新中心的发展营造良好氛围、提供制度保障。给予“2011协同创新中心”更大的研究生招生和培养自主权，允许中心自主遴选研究生、跨单位联合培养研究生，着力提高人才培养质量。设立专项培育资金，对经学校批准组建培育的协同创新中心给予先期培育和引导性支持。

凝聚创新合力。围绕国家重大需求和行业重大工程问题，协同相关高校、研究机构、央企，构建“链条式”网络化合作平台，提升人才、学科、科研“三位一体”创新能力。目前，浙江大学牵头建设的煤炭分级转化清洁发电协同创新中心、感染性疾病诊治协同创新中心和作为核心单位参与的人工微结构科学与技术协同创新中心、高端制造装备协同创新中心、长三角绿色制药协同创新中心、先进生物与化学制造协同创新中心已通过教育部、财政部认定。