全面深化研究生教育体制改革，基础是理清研究生培养的科学理念，并将这些理念转化为具体的改革实践。中国农业大学在国家研究生教育综合改革和全国研究生教育质量工作会议精神的指导下，进行了积极的理论思考与实践探索，实施了新一轮研究生教育深化改革。现已初步建立起了一套比较完整的体系，并取得了较为明显的效果。主要措施是：  

第一，树立科学的质量观，明确培养定位，调整学制和培养方案。

按照社会需要大量的应用型人才和少量的高水平研究型人才的要求，我校调整和明确了研究生培养定位：硕士生教育以培养应用型人才为主，博士生教育以培养学术型人才为主。为落实这个理念，我校进行了学制等一系列调整，不仅促进了博士生学术培养质量的不断提高，也强化了硕士生的应用实践能力培养。我校的应用型硕士生培养“科技小院”模式，在全面提高硕士生的实践能力和综合素质方面，取得了非常显著的效果。  

第二，树立科学的选材观，推行硕博连读，实行博士生招生申请考核制。

招生的过程，实际上就是选材的过程，就是要在那些自己愿意继续攻读的本科毕业生中，把那些最具备“学科特长和创新潜质”的学生挑选出来，招收为研究生。  

我校的研究生招生改革，主要体现在博士招生方面。一是鼓励学生进行硕博连读，目标是使硕博连读生占到绝大比重，从而加强博士生培养的连续性。二是对社会招考实行全面的申请考核制。由于改革方案设计比较周密，落实执行比较细致，因此进展的过程非常顺利，达到了预期效果。  

第三，树立科学的选师观，淡化与职称挂钩的博导称号概念，实行以岗位能力为评价指标的招生资格审核制度。

我国长期以来，把博士导师当作一个头衔和学术职位，只有正教授以上的才能够担任。这种仅与职称关联并且固化的博导资格，使得一些优秀的青年副教授不能招收博士研究生。我校改革的目的，就是把每年有限的博士生招生指标，分配给学术水平最高、培养条件最好的老师。主要措施是赋予副教授与教授同等的招生资格。这样，使得更多的优秀副教授获得博士招生资格和指标，而那些竞争力不强的教授则暂停招生。我校第一次在全校范围内实行此项政策时，有近百名优秀副教授获得了博士生招生的权力，而有数十名教授没有获得博士招生指标。  

第四，树立科学的奖助观，推进导师项目资助制，重点提高博士生奖助水平。

从国际经验看，硕士生获得奖助津贴的较少，而博士生则基本上都有奖助津贴，并且数额较高。主要原因是从事科研活动的不同：硕士生从事科研工作不多，而博士生以科研工作为主。相应地，国外的研究课题都允许列支研究生津贴。事实上，人员费用是很多研究项目(包括自然科学项目和人文科学项目)支出的主体。我校的改革也是按照这个思路设计的：稳定和适度提高硕士生津贴水平，较大幅度提高博士生津贴水平。国家出台新的研究生奖助制度之后，我校的研究生津贴(包括奖助学金)原则上由国家、学校和导师共同承担。今后随着科研项目中列支研究生助研津贴制度的完善，导师承担的部分应该逐步提高。对于人文社会类学科，学校承担较大比例乃至全额负担。为更好地落实好国家新出台的研究生学费和奖助制度，学校投入经费，使得研究生实际享受的待遇水平，新生和老生一样，学术型硕士和专业硕士基本一样，从而平稳地推进了国家政策的落实。